Nel secondo anno con la FIGC, il La Rocca disputa una stagione non esaltante, terminando il torneo al penultimo posto. Il girone è sempre quello E ed è composto da 9 squadre. Ne fanno sempre parte la San Giorgio di Perfugas, l'Olimpia di Bulzi, il Valledoria, la Nulvese, l'Osilo. Le novità sono il Mariscuola di La Maddalena e l'Arzachena, mentre fuori classifica ne fa parte la Torres B. Non ci sono più il Castellani di Codrongianos e il Tempio B. In testa arrivano a pari punti il San Giorgio di Perfugas con il Mariscuola di La Maddalena. Nello spareggio giocato all'Acquedotto di Sassari il 5 aprile 1964 il Perfugas vince 1-0 e sale in Promozione Regionale.

La rosa è composta dai portieri Andreuccio Marras e Franco Sulas, dai difensori Domenico Pinna, Francesco Capula, Giovanni Canu, dai centrocampisti Martino Corso, Gian Felice Contaldi, Francesco Santoni, Elio Marras e Riccardo Lepori. Gli attaccanti sono Antonio Cirotto e Gianfranco Garrucciu. Unica novità è il centrocampista Mario Pinna prelevato dal Valledoria. Il difensore Luigi Bajslak, uno dei giovani più interessanti della categoria va invece a giocare in Promozione con la Josto di Sassari, una società che valorizzava i giovani più promettenti del sassarese.

Nella stagione 1963-1964 la Sardegna festeggia per la prima volta la promozione di una società isolana alla serie A. Infatti il Cagliari raggiunge la massima categoria, classificandosi seconda nel campionato di serie B, spinto dalle reti di una giovane ala sinistra, acquistata dal Legnano in serie C, che rappresenterà in maniera indimenticabile la storia del Cagliari e della Nazionale: Gigi Riva.